Em 1894, Prudente de Moraes, representante dos grandes produtores de café do estado de São Paulo, assume a Presidência da República. É o primeiro presidente civil da República depois de dois presidentes militares. O que se percebe é que esses presidentes ficaram no poder até que se dissipasse toda e qualquer resistência ao golpe contra a Monarquia.
Antônio Conselheiro foi a última das vozes dissonantes que os republicanos acreditavam que se colocava entre eles e seu projeto de poder, ou seja, um obstáculo a ser superado. Canudos passou de um problema local para um problema nacional quando começou a ser tratado como um foco de restauração da monarquia – o que não era. E foi então – de um lado, em nome desse horror dos republicanos ao contraditório e, de outro, o seu amor ao poder recém-conquistado – que ocorreu uma das maiores tragédias da história do Brasil. Em 1897, uma força nacional com cerca de 8 mil homens munidos com o que havia de mais moderno no país em termos de armamentos invadiu a cidade de Canudos. Em uma semana, 25 mil brasileiros, entre homens, mulheres e crianças, pauperizados pela miséria e pela duríssima vida no sertão, foram republicanos, o episódio não passou de uma luta justa entre a civilização e a modernidade – de que eles eram arautos – contra o atraso, o retrocesso, a barbárie. Euclides da Cunha cobriu a batalha tanto como jornalista como escritor. O que viu está exposto no livro os Sertões, obra-prima da literatura brasileira.
Caladas as vozes e na certeza de que nenhuma revolução restaurada ou revolta ocorreria, os militares devolvem aos fazendeiros cafeicultores escravistas de São Paulo o poder e o prestígio que haviam perdido com o 13 de maio de 1888. A partir de 1894, portanto, tem início a República do Café com Leite, ou seja, a sucessão entre São Paulo e Minas Gerais na Presidência da República. Nesse sentido, sucederam-se no poder os seguintes presidentes: Prudente de Moraes (1894-1898), paulista; Campos Sales (1898-1902), Paulista; Rodrigues Alves (1902-1906), paulista; Afonso Pena (1906-1909), mineiro; Nilo Peçanha (1909-1910), carioca; Hermes da Fonseca (1919-1922), gaúcho; Venceslau Brás (1914-1918), mineiro; Delfim Moreira (1919), mineiro; Epitácio Pessoa (1919-1922), mineiro; Arthur Bernardes (1922-1926), mineiro; Washington Luís (1926-1930), carioca radicado em São Paulo; e Júlio Prestes (1930), paulista, que não chegou a assumir por causa da Revolução de 1930.
