A União Ibérica tornou-se catastrófica para Portugal, que saiu praticamente sem suas maiores possessões na África e na Ásia. Portugal mantinha boas relações com a Holanda e Inglaterra, enquanto a Espanha estava em guerra contra as duas maiores potências da época. Com a União Ibérica e as dificuldades crescentes imposta pela Espanha, esses países ocuparão a maioria das possessões portuguesas e esfacelarão intensamente seu império colonial. Quase todo o comércio asiático que Portugal havia aberto a duras penas, de forma pioneira, foi praticamente perdido.
A partir da restauração portuguesa (1640) haverá uma sensível modificação na relação de Portugal com a única colônia de peso que ainda lhe restava: O Brasil. A situação era tão dramática que se pode dizer que “a prosperidade e a própria existência de Portugal passaram a depender exclusivamente dela”. Pode-se afirmar também que, em função de tal dependência e, claro, em função da descoberta do ouro, o período de 1640 a 1750 corresponde a uma época de expansão da Colônia.
Em 1640, por exemplo, foi criado o Conselho Ultramarino, cujo único objetivo era centralizar e reforçar o poder da metrópole e do rei de Portugal sobre a Colônia. Em consequência dessa política centralizadora, todas as capitanias voltaram para o domínio direto de Portugal. Se no período anterior à União Ibérica havia um grande desleixo de Portugal em relação ao Brasil, a ponto de a França fundar no Rio de Janeiro um colônia em 1555, a partir da restauração de 1640, Portugal vai criar um forte sistema de resistência de acesso de estrangeiros ao Brasil, assim como uma série de medidas para aperfeiçoar a exploração comercial da sua colônia. Uma dessas medidas é a criação de Companhias de Comércio – criadas já em 1649 -, as únicas que poderiam comercializar com a Colônia.
Esse monopólio do comércio com a Colônia vai irritar profundamente, no Brasil, comerciantes que estavam acostumados a comercializar, sobretudo, com franceses, ingleses e holandeses. A principal consequência dessa “política econômica da metrópole que ao liberalismo do passado substituía um regime de monopólios e restrições destinados a dar mais amplitude possível à exploração e aproveitamento da Colônia” será uma sucessão de descontentamentos e ao menos uma revolta, a dos irmãos Backman – comerciantes portugueses – no Maranhão, em 1684.
